Bei einem Hypothekenvergleich werden die Konditionen unterschiedlicher Banken im Detail unter die Lupe genommen. Das Ziel des Vergleichs ist es, die für den eigenen Bedarf günstigsten Konditionen zu finden und so den Weg in die eigenen die Wände zu geringstmöglichen Kosten zu realisieren. Bei einem Hypothekenvergleich ist es wichtig, dass die verglichenen Darlehen hinsichtlich ihrer Ausgestaltung identisch sind. Demnach müssen die Laufzeit, der anfängliche Tilgungssatz, die Fälligkeit der Raten (Monatsende, Monatsanfang, eventuelle Zahlpausen), Möglichkeiten zur Leistung von Sondertilgungen sowie die Zinsbindung identisch sein. Sind diese Voraussetzungen erfüllt, kann leicht der Kredit mit den günstigsten Konditionen identifiziert werden. Bei diesem handelt es sich ganz einfach um den mit den niedrigsten Monatsraten bzw. dem geringsten effektiven Jahreszins. Die Spanne zwischen günstigen und teuren Darlehen auf dem deutschen Markt ist groß: Filialbanken und Sparkassen sind meist signifikant teurer als Direktbanken. Besonders günstig fallen die Konditionen häufig aus, wenn der Kredit über einen Hypothekenvermittler beantragt wird. Bei dem Vergleich sollten unbedingt staatliche Förderdarlehen miteinbezogen werden.
Der Hypothekenvergleich ist auch dann möglich, wenn die Ausgestaltung der zu vergleichenden Darlehen im Hinblick auf die oben erwähnten Merkmale nicht identisch ist. Dann muss jedoch Finanzmathematik angewandt werden. Insbesondere die Margenbarwert-Methode ist dann von Bedeutung. Bei dieser versetzt sich der Kreditnehmer in die Rolle der Bank und rechnet den Rohgewinn aus, den das Kreditinstitut unter verschiedenen Bedingungen erzielt. Dieser hängt von verschiedenen Faktoren ab, zu denen unter anderem die Bedingungen der Refinanzierung gehören. Banken können die vergebenen Kredite zu unterschiedlichen Zinsen am Kapitalmarkt refinanzieren. Für den Rohgewinn ist dabei insbesondere die mittlere Rückflussdauer von Bedeutung.
Die Margenbarwertmethode sollte nur dann zu Vergleichszwecken eingesetzt werden, wenn die Resultate entweder von einem Fachmann errechnet worden sind oder aber bei der Ermittlung eines professionelle Software genutzt wurde.